1.        科技部重大水专项：国家水污染控制与治理, 2009-2012。主持人：何成达

2.        国家公益性行业（农业）科研专项：利用有机（类）肥料调控我国土壤那个微生物区系关键技术研究（课题9），2011-2015。主持人：封克

3.        国家863计划专题课题：用于检测食品安全性的纳米检测材料与传感器-用于农药多残留免疫检测的纳米荧光探针及微悬臂梁免疫传感器，2009-2011。主持人：刘曙照

4.        国家“十一五”重大专项（子课题）：扬水曝气控藻技术优化研究，2009-2011。主持人：丛海兵

5.        国家“十一五”重大专项（子课题）：景观水体生物自净功能强化水质改善集成技术，2009-2011。主持人：丛海兵

6.        农业部948项目（子课题）：固体有机废弃物高附加值资源化技术引进、创新研究与产业化开发，2011-2015。主持人：殷士学

7.        科技支撑计划子课题：镇域生活污水处理技术与示范工程研究，2006-2010。主持人：纪荣平

8.        农业部行业项目（子课题）：有机（类）肥料产业发展的技术体系研究，2008-2010。主持人：王小治

9.        水利部公益性行业专项（课题）：南方地区小城镇水环境质量监测与分析，2009-2011。主持人：赵海涛

10.    国家973课题：作物对氮磷非均匀供应的弹性响应与高效利用机制，2007-2011。主持人：封克

11.    国家973（子课题）：作物对氮磷非均匀供应的弹性响应与高效利用机制， 2007-2011。主持人：封克

12.    国家973（子课题）：南北样带土壤碳氮平衡与稻田系统稳定性机制，2006-2011。主持人：殷士学

13.    国家留学基金：固体废弃物处理与资源化利用，2010-2011。主持人：王小治

14.    国家自然科学基金：阴离子通道吸收对钾、钠离子跨膜转移的影响及该过程中的电化学调节机理，2011－2013。主持人：封克

15.    国家自然科学基金：量子点标记农药多残留免疫分析技术研究， 2008-2010。主持人：刘曙照

16.    国家自然科学基金：黄芪中天然硝化抑制剂及其作用机理研究，2009-2009。主持人：殷士学

17.    国家自然科学基金：非选择性阳离子通道在盐胁迫下重建植物细胞离子稳态过程中的作用及调节机制，2009-2011。主持人：封克

18.    国家自然科学基金：同时硝化反硝化系统中微生物群落结构对N2O排放影响的研究，2007-2009。主持人：朴哲

19.    国家自然科学基金非选择性阳离子通道在根系钾离子跨膜转移忠的作用及调空规律探索，2007-2009。主持人：封克

20.    国家自然科学基金：土壤pH影响氧化亚氮形成的机理探讨，2006-2008。主持人：王小治

21.    国家自然科学基金：放线菌对土壤反硝化贡献的研究，,2005-2007。主持人：殷士学

22.    国家自然科学基金：利用nnrs-gfp重组克隆研究土壤中一氧化氮（no）产生菌多样性，2005-2007。主持人：胡健

23.    国家自然科学基金：钾离子跨细胞膜吸收过程受铵影响的机理探讨， 2005-2007。主持人：封克

24.    国家自然科学基金：有机固体废弃物快速降解技术及原理研究，2004-2006。主持人：朴哲

25.    国家自然科学基金：低pH条件下铵根离子影响根系发育的机理控讨，2003-2005。主持人：封克

26.    江苏省科技支撑计划：基于蚯蚓处理生物质固废产物为原料的花木专用生物肥料研发，2010-2012。主持人：单玉华

27.    科技厅平台（子项目）：江苏省规模猪场高效健康养殖公共技术服务中心废弃物处理平台子项目，2009-2011。主持人：王小治

28.    江苏省博士后基金： TiO2/表面修饰膨胀珍珠岩的制备及其在有机污染土壤修复中的应用，2009-2010。主持人：王小治

29.    江苏省高校自然科学基金：颗粒物质在MBR膜污染过程中堆积机理研究，2010-2012。主持人：吴军

30.江苏省科技公共服务平台：江苏省农业环境安全技术服务中心，2008-2010。主持人：封克